Nowe unijne regulacje oferują ograniczone, ale bardzo istotne możliwości finansowania sieci Natura 2000 i innych działań na rzecz ochrony przyrody. Obejmie to przede wszystkim budowę infrastruktury, działania w ramach szerzej zakrojonych inicjatyw na rzecz zrównoważonego rozwoju a zogniskowane wokół obszarów naturowych, tworzenie alternatywnych miejsc pracy i programy szkoleniowe i edukacyjne.

Wstępna wersja Strategicznych Wytycznych Wspólnoty zawiera kilka rekomendacji, które mogą stać się okienkiem dla finansowania Natury 2000. Oto te rekomendacje:
· inwestycje w infrastrukturę (w szczególności w nowych krajach członkowskich) nakierowane na wypełnienie prawodawstwa środowiskowego w dziedzinie ochrony przyrody i gatunków,
· zapewnienie warunków rozwoju przedsiębiorczości oraz właściwych warunków pracy poprzez poprawę stanu środowiska, z uwzględnieniem dziedzictwa przyrodniczego oraz kulturowego,
· zapobieganie naturalnym zagrożeniom poprzez poprawę zarządzania zasobami naturalnymi.
Zważywszy na rozmiar budżetu i zagrożenie, że środki zostaną przeznaczone rówież na działania szkodliwe dla stanu środowiska naturalnego, należy zapewnić odpowiednie ujęcie zagadnień zw. z siecią naturową w Narodowych Strategicznych Ramach Odniesienia oraz programach operacyjnych.

Wskazówki w języku angielskim przygotowane przez WWF International, sugerujące jak zwiększyć szanse zapewnienia właściwego ujęcia Natury 2000 w krajowych dokumentach programowych dostępne są na: http://www.coalition-on-eufunds.org/Guide%20to%20financing%20Natura%202000.pdf