Rada proponuje połączyć nowy trzeci filar dotyczący zrównoważonego transportu i energii z filarem drugim dotyczącym ochrony środowiska.  Jednocześnie pierwszy filar związany z transportem nie uległby zmianie. Co więcej Rada proponuje włączenie zagadnień związanych z transportem lotniczym w ramy połączonego 2-giego i 3-ciego filaru jako formy transportu mieszczącej się w definicji "rozwoju zrównoważonego z wyraźną korzyścią dla środowiska naturalnego"!!! Istnieją przesłanki, aby sądzić, że Rada zamierza promować wycofanie się z równego podziału środków na inwestycje w dziedzinie ochrony środowiska i transportu w ramach Funduszu Spójności. W konsekwencji Kraje Członkowskie mogłyby inwestować więcej w rozwój transportu. Co więcej - również część środków przeznaczonych na inwestycje pro-środowiskowe mogłaby zostać spożytkowana na rozwój transportu, a mianowicie transportu lotniczego. Na szczęscie wydaje się, że Parlament Europejski zamierza bronić 3-go filaru Funduszu Spójności. Kwestia podziału środków w proporcji 50/50 zostanie wyjaśniona w specjalnym Komunikacie Komisji Europejskiej w sprawie integracji polityki ekologicznej z Polityką Spójności. Komunikat zostanie przygotowany jesienią i zatwierdzony po przyjęciu Strategicznych Wytycznych Wspólnoty na lata 2007-2013. W chwili obecnej krążą sprzeczne informacje odnośnie tego, czy Komisja zaproponuje utrzymanie równego podziału środków pomiędzy filary 2-gi i 3-ci. Poniżej dokument w języku angielskim zawierający proponowane przez Radę poprawki do Rozporządzenia ustanawiąjącego Fundusz Spójności.